보안법 폐지의 주요 이유는 법의 악용과 개인의 사상의 자유보장에 있다. 과거의 보안법 적용을 살펴보면 인위적인 잣대로 반 정권적 인물을 탄압하는데 사용되었음은 부인 못할 사실이다. 즉 유신체제, 5공시대에 정권반대운동을 하면 보안법의 올가미를 쉬워 좌경용공으로 몰았다. 이것이 가장 설득력 있는 보안법 폐지의 이유이다.
지금 이 시대의 사상이라면 자본주의와 사회주의로 양분할 수 있다. 또 국가마다 자본주의 국가인지 사회주의 국가인지 그 경계가 불명확하다. 산업화 초기에는 토지의 개인소유 유무만으로 자본과 사회주의로 구분할 수 있었다. 그러나 산업이 다각화된 현대에서는 자본주의와 사회주의가 혼재한다. 자본주의를 표방하는 국가라도 사회주의적 요소는 너무 많다. 우리나라를 살펴보아도 의료보험, 국민연금, 공기업 등이 사회주의적 요소들이다. 현재 지구상에서 사회주의를 표방하며 출발한 국가라도 산업자본을 전부 국유화한 국가는 찾기 어렵다. 중국, 러시아, 동유럽 국가들 모두 산업의 개인소유를 인정하는 자본주의적 요소를 받아들였다. 지금의 사회에서 사상의 자유논쟁은 무의미하다는 말이다.
그러나 작금에 우리나라에서 문제되는 것은 사상의 자유문제가 아니라 특정정권(북한)과의 유착관계에 있다. 보안법 폐지 반대론자들은 북한을 남한을 위협하는 대상으로 생각하고있다. 아직까지 남북긴장관계는 여전한 상태라 자유방문을 허용할 경우에 북한이 간첩 및 정보원의 우회침투 루트로 악용을 우려하고 있다. 또 북한정권을 맹목적으로 찬동하는 인물들이 함께 반미, 미군철수, 정부를 비난하고 나선다면 사회정체성에 심각한 혼란을 야기할 수 있다. 혹시 순수한 사회주의를 표방하는 정당이 아닌 북한 노동당 분점이라도 들어선다면 사회가치관의 혼란의 정점을 치달을 것이다. 보안법 폐지론자들은 이 같은 부작용을 미연에 방지하기 위해 형법의 보완을 주장하고 있다. 그러나 지금의 현실은 보안법 폐지 주장만 요란하지 형법의 어느 부분을 어떻게 보안할 것인지 내세우는 인물은 아무도 없다. 즉 순수한 사회주의는 허용하고 북한과의 관계에서 정체성의 혼란을 야기할 수 있는 부분은 형법으로 보완할 수 있는 대안과 더불어 하는 보안법 폐지 주장이 설득력을 얻을 수 있고 국민을 통합시킬 수 있다.