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[자막뉴스] "지침 무시하고 이름 순서대로 세무조사…감사 결과 드러난 '역대급 실수' 일파만파

김민정 기자

입력 : 2026.04.27 15:22|수정 : 2026.04.27 15:22

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국세청이 세무조사 대상을 잘못 선정해 기업 43곳과 개인사업자 69명이 54억여 원을 추징당한 것으로 감사원 감사 결과 드러났습니다.

국세청은 매년 각 법인 사업자가 세금을 성실히 신고했는지를 분석해, 불성실 신고 혐의가 있는 법인을 세무조사 대상으로 선정합니다.

그런데 감사원이 공개한 정기 감사 보고서에 따르면 국세청은 2023년 말과 2024년 말 각 법인의 성실도를 평가하면서, 수천 곳 법인에 대해 18~32점의 기본 점수를 주지 않고 실수로 0점 처리한 걸로 드러났습니다.

국세청은 실수를 알아차리지 못한 채 불성실 신고 혐의가 있는 법인 명단을 지방국세청에 내려보냈고, 실제로는 혐의가 없는 법인 120곳이 부당하게 세무조사 대상이 됐습니다.

이 가운데 50여 곳이 실제로 세무조사를 받았고, 43곳이 총 37억여 원을 추징당했습니다.

개인사업자 세무조사 대상 선정 과정에도 문제가 있었는데, 지방청 7곳 가운데 3곳은 국세청 지침이 아닌, 자체 기준에 따라 임의로 대상자를 선정했고, 1곳은 아무 기준도 없이 명단 앞에서부터 순서대로 대상자를 선정한 걸로 나타났습니다.

그 결과 70명이 부당하게 세무조사 대상자로 선정돼 이 가운데 69명이 실제로 세무조사를 받았고, 67명이 1인당 평균 약 2500만 원씩 총 17억여 원을 추징당했습니다.

이렇게 세무조사를 당한 법인과 개인사업자들은 지금도 자신들이 세무조사 대상으로 부당하게 선정됐다는 것조차 알지 못하고 있는 것으로 전해졌습니다.

반면 우선적으로 세무조사 대상이 됐어야 할 법인이나 개인사업자 일부는 세무조사 대상에서 벗어났는데, 광주·대전·중부지방국세청은 세금 탈루 혐의가 짙은 개인사업자 5명을 동명이인과 혼동하거나 조사 이력을 확인하지 않는 등 이유로 세무조사 대상에서 부당하게 제외한 것으로 드러났습니다.

'사무장 병원'을 운영하다 적발돼 법원에서 확정 판결까지 받은 사람들에 대해서도 국세청이 세금을 물리지 않고 방치하다가 소멸 시효가 끝난 경우도 확인됐습니다.

국민건강보험공단이 105개 사무장 병원 명단을 국세청에 넘겼지만, 소멸 시효가 끝날 때까지 국세청이 이들에게 유죄 확정 판결이 나왔는지 제때 확인하지 않아 국가가 받아 냈어야할 부가가치세 267억 원이 소멸된 겁니다.

감사원은 국세청에 과세 감독 업무를 철저히 하라며 주의를 줬습니다.

(취재 : 김민정, 영상편집 : 최강산, 디자인 : 이정주, 제작 : 디지털뉴스부)
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